Od 7 września 1939 r. - między godz. 10.00 a 13.00 działa prowizoryczna „podwórkowa szkoła” Naty dla dzieci sąsiedzkich.10 listopada 1939 r. - wysiedlenie całej rodziny z mieszkania do obozu przejściowego na ul. Głównej; tu w barakach na słomie trzy tygodnie kwarantanny do 30 XI: „Pozostawić wszystko i iść z Tobą na Kalwarię”. 4 grudnia 1939 r. - całą 9-osobową rodziną wywiezieni w bydlęcych wagonach do Ostrowca Świętokrzyskiego. Tu i w Częstocicach bez środków na przeżycie. Od 1 lutego 1940 r. - Natalia w Krakowie; praca w czytelni beletrystyczno-naukowej Starzewskich do 1 maja. Sprowadzenie rodziny. Natalia mieszka u Marii Woyczyńskiej (środowisko Odrodzenia) – ul. Sienkiewicza. Praca nauczycielska (poprzez Ośrodek Tajnego Nauczania nr 1 – Urszulanki U. Rz., Starowiślna 9). Comiesięczne spotkania sodalicyjne.Sierpień do 11 października 1940 r. - pierwsza „wyjazdowa” posada nauczycielska w aptece pp. Frasiów w Mszanie Dolnej.8 marca do 9 kwietnia 1941 r. - Witowice pod Sączem nad Dunajcem we dworze u hr. Brezy – uczy córkę i wychowanicę; w kuchni czytuje służbie literaturę polską. Na Wielkanoc 1941 r. - Niemcy wyrzucają mieszkańców z ul. Sienkiewicza do pożydowskich kamieniczek na ul. Zwierzynieckiej.Od 8 maja do 24 czerwca 1941 r. - Kalina Wielka koło Miechowa – uczy córki właścicieli dworu – Dąmbskich.Od września 1941 r. - w tajnym nauczaniu „ok. 7 godzin dziennie pracy zawodowej” w Krakowie.21 stycznia 1942 r. - pierwsza z cotygodniowych śród literackich – trzydziestu w tym roku! Najczęściej prelegentką jest Natalia.Jesień 1942 r. - po 8 godzin kompletów dzienne. Podejmuje także objazdy: „kolejno odwiedzę wszystkie moje byłe uczennice zamieszkałe na terenie Gub[erni]. Chcę […] rozbudzić w nich zamiłowanie do wiedzy, dopomóc […], by ich wojna nie wyjałowiła z poczucia piękna i dobra”. Styczeń 1943 r. - „coraz częściej słyszę o grożącym mi niebezpieczeństwie wywozu do Niemiec. Robię, co mogę, by ostać się tu, ale będzie, jak być musi. […] Staram się tak zorganizować […], by nikt nie poniósł większej szkody w razie wywiezienia mnie. […] Muszę być tam, gdzie Bóg chce mnie widzieć…”.14 lutego 1943 r. - „Mamusia odetchnęła. Mam kartę pracy” – zameldowana w Urzędzie Pracy jako buchalterka przez hr. Pelagię Potocką w jej pałacu przy ul. Brackiej (opiekunka Fundacji Czartoryskich była łączniczką AK).1 marca 1943 r. - „Kraków, w ubiegłą sobotę skończyłam na naszych zebraniach literackich omawianie Psalmów Dawida.”Marzec 1943 r. - trzy dni w Tarnowie; wyjazd uchronił Natalię od wpadki u Aty Danczowskiej, byłej uczennicy z Poznania.6 kwietnia 1943 r. - „Kraków, dziś rano wręczono mi via biuro kartę wezwania na roboty do Niemiec […]. Wielu ludzi życzliwych dołoży starań, by mię ta podróż ominęła. Ale jest dużo danych, że mimo wszystko mogę się znaleźć na ulicy Wąskiej […]. Będzie jednak, jak będzie. […] Jest też jeszcze taka możliwość, że żadna „terapia” nie będzie na tyle skuteczna, by mnie od podróży zagranicznej uwolnić. Wtedy z pogodą pojechałabym tam, gdzie mnie Bóg woła.”8 kwietnia 1943 r. - „Odetchnęłyśmy […]. Dziś rano na podstawie podania Fundacji Czartoryskich, gdzie przynależy moja karta pracy, zostałam przez władze niemieckie zwolniona z nakazu wyjazdu do robót w Niemczech.”9 kwietnia 1943 r. - „żyję całkowicie w Chrystusie, więc zaufałam Mu całkowicie we wszystkim, czego by nie zażądał, nie wyłączając życia.”Zwerbowana do podjęcia misji świeckiego duszpasterstwa wśród robotników polskich w III Rzeszy, być może przez ks. Ferdynanda Machaya lub ks. Kazimierza Świetlińskiego z aprobatą ks. arcybiskupa A. Sapiehy.1-5 maja 1943 r. - nieoczekiwanie w Warszawie - Rembertowie u brata Tadeusza. 23 maja 1943 r. - w najbliższych miesiącach „ostatecznie ustali się, czy będę musiała wyjechać na roboty do Niemiec, czy też nie.”Od połowy lipca i sierpień 1943 r. - Warszawa. Urządza matkę u stryjostwa. Konspiracyjne „przygotowania do nowej posady” - szkolenie do roli emisariusza Delegatury Rządu Londyńskiego w III Rzeszy i duszpasterza świeckiego z ramienia podziemnej komórki Kaplica organizacji Zachód przy AK: „[…]. Gdyby finał wojny naraził mię na utratę życia […], co ze mnie żyć będzie w ludziach…?” Po powrocie z rekolekcji w Laskach odbywa „w Warszawie spowiedź z całego życia”. „Łaknę harmonii słowa i czynu.”